طبق موافقت وزارت علوم، تحقیقات و فناوری مبنی بر ایجاد هیات امنای مستقل دانشگاه‌های خراسان جنوبی، پس از طی مراحل تشکیل آن با معرفی شش نفر از اعضای حقیقی هیات امنا از این پس مدیریت عالی دانشگاه‌های خراسان جنوبی بر عهده این هیات قرار می‌گیرد. به گزارش سرویس دانشگاهی خبرگزاری دانشجویان ایران (ایسنا)، طی احکام جداگانه‌ای دکتر حسین فریدون مدیرکل دفتر وزارتی وزارت علوم به عنوان رئیس کمیسیون دائمی هیات امنا و دکتر محمد رضا میری رئیس دانشگاه بیرجند به سمت دبیر هیات امنای دانشگاه‌ها و موسسات آموزشی عالی استان منصوب شدند. براساس قانون تشکیل هیأت امنای دانشگاه‌ها و مؤسسات آموزش عالی و پژوهشی مصوب شورای عالی انقلاب فرهنگی هیأت امنای دانشگاه‌ها متشکل است از وزیر، رئیس مؤسسه آموزش عالی، رئیس یا نماینده سازمان مدیریت و برنامه ریزی کشور، چهار تا شش نفر از شخصیت‌های علمی و فرهنگی یا اجتماعی محلی و کشوری که نقش مؤثری در توسعه و پیشرفت مؤسسه مربوط داشته باشند. اعضای اخیر برای مدت چهار سال با پیشنهاد وزیر مربوط و بررسی شورای عالی انقلاب فرهنگی با حکم رئیس جمهور تعیین می‌شوند. تصویب آیین‌نامه داخلی، تصویب سازمان اداری مؤسسه براساس ضوابط مربوط، بررسی و تصویب بودجه مؤسسه، تصویب حساب‌ها و ترازنامه سالانه مؤسسه، تصویب نحوه وصول درآمدهای اختصاصی و مصرف آن، تعیین حسابرس و خزانه دار برای مؤسسه، کوشش برای جلب کمک‌های بخش خصوصی و عوائد محلی، تصویب آیین‌نامه‌های مالی و معاملاتی، تعیین میزان پرداخت حق التحقیق، حق التدریس و نظایر آن و تصویب مقررات استخدامی اعضای هیأت علمی مؤسسه از جمله وظایف و اختیارات هیأت امنا می‌باشد.
